公司制的主要特征是所有权与经营权分离，这种分离必然导致作为委托人的所有者和作为代理人的经营者之间的矛盾与冲突。
如果这种代理关系的双方当事人都是效用最大化者，代理人就不会总以实现委托人的最大利益为目的行动，这就产生了代理问题。
产生代理问题的主要原因包括：
第一，代理人是一个具有独立利益和行为目标的“经济人”，其目标和行为与委托人不可能完全一致。对于所有者来说，他是以企业价值最大化为目标，要求代理人尽职尽责，执行好经营管理的职能，实现长期、稳定增长的投资回报。而对于经营者来说，除公司价值最大化以外，他们还希望积累个人权力和威望，晋升时付出的努力最小化。
第二，代理人作为“经济人”，同样存在所谓的“机会主义倾向”，在代理过程中会产生管理怠慢、损害或侵蚀公司利益等问题。
第三，市场环境存在不确定性，难以准确判断代理人行为的努力与否。因为，在市场需求高涨的情况下，代理人往往可以“旱涝保收”、“坐享其成”，反之，在市场需求持续萎缩的情况下，代理人无论怎么努力，也“无力回天”。
第四，委托人与代理人之间存在着严重的信息不对称，加大了委托人正确判断代理人努力程度、有无机会主义行为的难度。
因为存在上述问题，代理人既有动机又有条件损害委托人的利益，因而难以保证代理人忠实地为委托人服务。
上述矛盾容易导致经营者的行为背离股东利益，比如经营者可能为了自己的效用最大化，没有尽力实现股东价值最大化，虽然这样做并不违法，只会产生道德风险问题，却在一定程度上损害了所有者的利益。
抑或是经营者利用管理者优势进行“逆向选择”，比如职务消费，或者炒作公司股票，导致股东财富受损，但自己却从中渔利。
公司治理正是为解决两权分离产生的代理问题而产生的，通过在所有者和经营者之间设立一种相互制衡的机制，解决包括代理人的选择、监督和激励等问题，降低代理成本，实现企业价值最大化。
从更广泛的意义上来说，公司治理是用以处理股东、董事会、经理层、债权人和职工等不同利害相关者关系的一整套制度安排。按照钱颖一在他的《中国的公司治理改革和融资改革》一文中的界定，“公司治理是一套制度安排，用以支配若干在企业中有重大利害关系的团体——投资者（股东和贷款人）、经理层、职工——之间的关系，并从这种联盟中实现经济利益。
公司治理包括：如何配置和行使控制权；如何监督和评价董事会、经理层和职工；如何设计和实施激励机制。”经济学家吴敬琏则从委托代理关系角度指出：“所谓公司治理结构，是指由所有者、董事会和高级执行人员即高级管理人员三者组成的一种组织结构。
在这种结构中，上述三者之间形成一定的制衡关系。通过这一结构，所有者将自己的资产交由公司董事会托管；公司董事会是公司的最高决策机构，拥有对高级经理层的聘用、奖惩以及解雇的权力；高级经理层受雇于董事会，组成在董事会领导下的执行机构，在董事会的授权范围内经营企业。”（“公司治理”是机制是制度安排，而不是“公司治理结构”。）
可以看出，尽管表述方式、所取角度不同，但公司治理的实质是相同的，就是在股东与董事会、董事会与管理层、股东与监事会多层委托代理关系中，委托人必须设立一套有效的制衡机制来规范和约束代理人的行为，包括激励、约束与监督，以降低委托代理的成本，促使企业最有效地运行，保护股东的利益。由此可以看出，现代企业制度的核心是健全的法人治理结构。
