精神层又称组织文化的深层，主要是指组织的领导和员工共同信守的基本信念、价值标准、职业道德及精神风貌，它是组织文化的核心和灵魂，是形成组织文化的物质层和制度层的基础和原因。组织文化中有没有精神层是衡量一个组织是否形成了自己的组织文化的主要标志和标准。组织文化的精神层包括以下5个方面：
①组织经营哲学。它是组织领导者为实现组织目标在整个生产经营管理活动中的基本信念，是组织领导者对组织生产经营方针、发展战略和策略的哲学思考。只有以正确的组织经营哲学为基础，组织内的资金、人员、设备等才能真正发挥效力。有了正确的组织经营哲学，处理组织生产经营管理中发生的一切问题才会有一个基本依据。组织经营哲学的形成首先是由组织所处的社会经济制度及周围环境等客观因素所决定的，同时也受组织领导人的人文修养、科学知识、实践经验、思想方法、工作作风及性格等主观因素的影响。组织经营哲学是在长期组织活动中自觉形成的，并为全体员工所认可和接受，具有相对的稳定性。
②组织精神。它是组织有意识地在员工群体中提倡、培养的优秀价值观和良好精神风貌，是对组织现有的观念意识、传统习惯、行为方式中的积极因素进行总结、提炼及倡导的结果，是全体员工有意识地实践所体现出来的。因此，组织文化是组织精神的源泉，组织精神是组织文化发展到一定阶段的产物。
③组织风气。国有国风，党有党风，一个组织也有其组织风气，如厂风、校风等。组织风气也是组织文化的外在表现，是组织及其成员在长期活动中逐步形成的一种精神状态及精神风貌。
所谓风气就不是个别人、个别事、个别现象，只有形成了带普遍性的、重复出现的和相对稳定的行为心理状态，并成为影响整个组织生活的重要因素时，才具有“风”的意义。一个组织的组织风气一般有两层含义：第一层是指一般的良好风气，例如开拓进取之风、团结友爱之风、艰苦朴素之风、顽强拼搏之风等；第二层是指一个组织区别于其他组织的独特风气，即在一个组织的诸多风气中最具特色、最突出和最典型的某些作风，它是组织在长期生产经营活动中形成的，体现在组织活动的各个方面，形成全体员工特有的活动样式，构成该组织的个性特点。例如，我国20世纪60年代大庆油田的艰苦创业、无私奉献的“铁人精神”，它的企业风气主要特色是“三老四严”。
组织风气是组织文化的外在表现，组织文化是组织风气的本质内涵，人们总是通过组织全体成员的言行举止感受到组织的独特风气，又透过组织风气体会到全体成员共同遵循的价值观念，从而深刻地感受到该组织的组织文化。组织风气是约定俗成的行为规范，是组织文化在员工的思想作风、传统习惯、工作方式、生活方式等方面的综合反映。组织风气一旦形成就在组织中造成一定的氛围，并形成组织心理的定势，形成集体多数成员一致的态度和共同行为方式，因而成为影响全体成员的无形的巨大力量。组织风气所形成的文化氛围对一切外来信息有筛选作用。同样，一种不良的社会思潮，在组织文化贫乏、组织风气较差的组织中可能会造成劳动积极性下降、人际关系紧张、凝聚力减弱、离心力加大等灾难性后果，甚至受到抵制；而在组织文化完善、组织风气健康的组织中，则可能影响不大，全体成员会与组织同呼吸共命运，同舟共济，战胜困难，共渡难关。在改革开放实践中，有远见的企业家已认识到物质刺激的作用是有限的，而培育优秀的组织文化，建设优良的组织风气才是使全体员工产生强大凝聚力，使企业兴旺发达的根本途径。
④组织目标。它是组织生产经营发展战略的核心。有了明确的组织目标，就可以发动群众，提高广大员工的主动性、积极性、创造性，使员工将自己的岗位工作与实现组织奋斗目标联系起来，这样组织的管理工作就有了坚实的群众基础。因此，组织目标是组织成员凝聚力的焦点，是组织共同价值观的集中表现，也是组织对员工考核和奖惩的主要标准，同时又是组织文化建设的出发点和归宿。组织长远目标的设置是防止其出现短期行为的有效手段。
⑤组织道德。道德指人们共同生活及其行为的准则和规范。组织道德是指组织内部调整人与人、单位与单位、个人与集体、个人与社会、组织与社会之间关系的准则和规范。道德与制度都是行为准则和规范，但制度是强制性的行为准则和规范，而道德是非强制性的行为准则和规范。一般来讲，前者解决是否合法的问题，后者解决是否合理的问题。道德的内容包括道德意识、道德关系和道德行为三部分。道德意识是道德体系的基础和前提，它包括道德观念（人们的善与恶、荣与辱、得与失、苦与乐等观念）、道德情感（人们基于一定的道德观念，在处理人际关系和评价某种行为时所产生的疾恶扬善、慕正厌邪的感情）、道德意志（人们在道德观念和道德情感的驱使下形成的实现一定道德理想的道德责任感和克服困难的精神力量）和道德信念（人们在道德观念、道德情感、道德意志基础上形成的对一定道德理想、目标的坚定信仰）；道德关系是人们在道德意识支配下形成的一种特殊的社会关系；而道德行为是人们在道德实践中处理矛盾冲突时所选择的某种行为。
组织道德就其内容结构上看，主要包含调节成员与成员、成员与组织、组织与社会三个方面关系的行为准则和规范。作为微观的意识形态，它是组织文化的重要组成部分。
