1.经营基础不同
承包经营是计划经济条件下企业经营权的一种转移，是以一定的经营利润为指标的经营权过渡行为，是对企业资产的功能利用型操作。但在实践中，企业经营自主权受到各种因素的干扰而难以落实。而托管经营是市场经济条件下，以企业法人财产权的确立为基础，以被托管企业资产一定增幅为指标的资产经营权和处置权的过渡行为，是对企业产权整体的功能利用型操作。受托方不仅有经营自主权，而且有部分财产的处理权和利益分享权。
2.经营者主体的来源不同
承包经营的经营者大都限于企业内部或行业内部，而且往往限于经营者个人。托管经营的经理不再由政府或组织部门任命，而是由受托方派出，责、权、利明确，并且能够体现受托方的利益，从而形成与所有者、生产者不同的独立的利益主体。
3.风险分散效应不同
承包经营中经营者的选择面较窄，且经营者个人承担风险的能力差，“一对一”的谈判也具有局限性。因此，承包经营的风险较大。而托管经营克服了承包制企业内部或行业内部“一对一”选择经营者时的局限性。托管经营面向市场，由市场匹配托管经营的双方，具有广阔的选择空间，加大了成交的可能性、合理性和有效性。此外，受托方以自身财产或资信能力作为抵押，或以第三者担保为条件，以委托资产保值为指标，较好地形成了企业产权市场化营运的内部利益激励机制。受托方在利益上与委托方密不可分，被托管企业的经营风险由委托方与受托方共同承担，起到了分散风险的作用，也强化了经营者的责任感与经营意识。
4.时效不同
在经营时效方面，承包经营是一种时间性很强、盈利明确的短期行为，承包者最关注的是近期利益，容易引发短期经营行为，在企业的技术改造、产品更新换代方面不做长远规划，不利于企业的长期持续发展。而托管经营时限相对较长，企业科研和技术更新等指标可作为补充条款或监管内容写入托管协议中，且监管方和受托方一般不存在隶属或主管关系，只是平等的利益相互制约的关系，因而监督方可以按照协议中的各项内容进行有效的监督，防止企业经营的短期行为。
