核算物流成本需要分别计算显性成本和隐性成本，然后将两大成本汇总，即为物流成本总额。现分别依据显性成本和隐性成本的特征对核算步骤加以分析。
1）显性物流成本核算步骤
首先，设置物流成本辅助账户。在企业财务会计核算系统不变的前提下，还应该依据前述方法设置显性物流成本辅助账户。
其次，对企业会计核算的有关成本费用科目，包括管理费用、销售费用、财务费用、生产成本、制造费用、其他业务成本、营业外支出以及材料采购等科目及明细项目逐一进行分析，确认物流成本的内容。
再次，对于应计入物流成本的内容，企业可根据本企业实际情况，选择在期中与会计核算同步登记物流成本辅助账户及相应的二级、三级、四级账户和费用专栏，或在期末（月末、季末、年末）集中归集物流成本，分别反映出按物流功能、物流范围和物流成本支付形态作为归集动因的物流成本数额。
最后，期末（月末、季末、年末），汇总计算物流成本辅助账户及相应的二级、三级、四级账户和费用专栏成本数额。
2）隐性物流成本核算步骤
隐性成本是一种隐藏于经济组织总成本之中、游离于财务审计监督之外的成本。隐性成本是由于经济主体的行为而有意无意造成的具有一定隐蔽性的将来成本和转移成本，是成本的将来时态和转嫁的成本形态的总和。
首先，期末（月末、季末、年末）对存货按采购在途、在库和销售在途3种形态分别统计出账面余额。无论按在途或在库哪种状态统计，均以存货正在占用自有资金为统计标准，对于存货已购在途或在库但企业尚未支付货款以及企业已收到销售货款单存货仍在库或在途的，不计入统计范围。
其次，按照公式：存货资金占用成本＝存货账面余额（存货占用自有资金）×行
业基准收益率，计算出存货占用自有资金所生出的机会成本。
其中，对于生产制造和流通企业而言，若企业计提了存货跌价准备，则存货账面余额为扣除存货跌价准备后的余额。
