物流成本核算的主要方法有按支付形态计算物流成本、按功能计算物流成本、按适用对象计算物流成本3种。
1）按支付形态计算物流成本
这种方法把物流成本分别按运费、保管费、包装材料费、自家配送费（企业内部配送费）、人事费、物流管理费、物流利息等支付形态记账。从中可以了解物流成本总额，也可以了解什么经费项目花费最多。这种方法对认识物流成本合理化的重要性，以及考虑在物流成本管理应以什么为重点，十分有效。
2）按功能计算物流成本
这种方法分别按包装、配送、保管、搬运、信息、物流管理等功能来核算物流费用。用这种方法可以看出哪种功能更耗费成本，比按形态计算成本的方法能更进一步找出实现物流合理化的症结。而且可以计算出标准物流成本（单位个数、质量、容器的成本），进行作业管理，设定合理化目标。
3）按适用对象计算物流成本
按适用对象核算物流成本，可以分析出物流成本都用在哪一种对象上。如可以分别把商品、地区、顾客或营业单位作为适用对象来进行计算。
按支店或营业单位核算物流成本，就是要算出各营业单位物流成本与销售金额或毛收入的对比，用来了解各营业单位物流成本中存在的问题，以加强管理。
按顾客核算物流成本的方法，又可分按标准单价计算和按实际单价计算两种计算方式。按顾客计算物流成本，可用来作为选定顾客、确定物流服务水平等制定顾客战略的参考。
按商品核算物流成本是指通过把按功能计算出来的物流费，用各自不同的基准分配各类商品的方法计算出来的物流成本。这种方法可以用来分析各类商品的盈亏，在实际运用时，要考虑进货和出货差额的毛收入与商品周转率之积的交叉比率。
4）按物流作业核算物流成本
这是以作业为基础，把企业消耗的资源按资源动因分配到作业，以及把作业搜集的作业成本按作业动因分配到成本对象的核算方法。其理论基础：生产导致作业的发生，作业消耗资源并导致成本的发生，产品消耗作业。因此，作业成本法下的成本计算程序就是把各种资源库成本分配给各作业，再将各作业成本库的成本分配给最终产品或劳务。
