港口通过能力的大小主要取决于港口的货源条件，包括货物种类、构成以及流量流向，所配置的技术装备水平，包括泊位、库场、道路、铁路专用线、装卸及输送机械等的数量、专用化程度及港口总体布置的合理水平，以及装卸工艺、劳动作业组织、车船衔接、调度等生产组织管理水平。同时，也受港口气象、水文地质、航道、岸线等水域和陆域条件的影响或制约。
影响港口通过能力的主要因素具体表现为：
1.货物
货物种类对港口通过能力的影响主要表现为，不同种类的货物及其特性，包括货物批量、包装形式、单件重量、运输形式（如散装、包装等）、在流向和时间上的分布特征等。对装卸工艺和装卸条件的要求不同，港口生产作业的复杂程度不同，对港口生产资源的占用也不同。
货物到港的不平衡程度对设计通过能力不会产生影响，但会影响到实际通过能力。吞吐量一定时，货物到港越均衡，设备的合理利用率也就越高。
在相同的装卸设备条件下，不同种类的货物或不同流向的同类货物，其装卸效率是不同的。所以，为解决货物对港口通过能力的影响，在计算港口通过能力时，总是以货物种类和流向结构一定作为前提条件。
2.港口总体布局和码头专业化程度
港口的总体布置包括码头的布置，水域、陆域面积的大小，库场与码头泊位的相对位置，作业区的划分以及港内交通线路的布置等。港口的总体布置合理，可以充分利用港区的自然条件，使船舶方便安全地进出港区、靠离码头、进行作业。由于水陆运输线路在港内衔接良好，使港口与内陆和城市有便利的交通联系，内河船和海船、车辆与船舶能尽可能靠近，这就有可能提高船舶装卸效率，充分利用泊位生产能力。港区布置紊乱，不仅会造成船舶在港作业过程中的多次移泊，而且也可能造成多作业环节的相互干扰，进而影响到装卸效率，限制港口的通过能力。因此，港口总体布局关系到装卸效率和泊位生产能力，并直接影响到港口的通过能力。
码头专业化是建立在码头专业分工基础上的，专业化的目的是显著地提高装卸船舶的效率，降低装卸与运输成本。由于结合了货种、流向以及船型、车型，选择了完善的高效率装卸机械设备，装卸船舶效率必然会成倍提高。例如，集装箱码头装卸集装箱船舶的通过能力高于普通杂货码头的通过能力的数倍，就是这方面最好的说明。但专业化也是有条件的，这个条件就是必须要有一定数量的吞吐量，否则的话，通过能力虽然很大，也不能很好地发挥作用。
3.港口设施与设备
港口的设施和设备是港口企业进行生产经营活动的物质基础，包括码头、泊位、仓库、堆场、装卸机械、锚地、港池、进港航道等。其规模、类型、数量、性能和技术状态等是影响港口通过能力的主要因素，都直接影响港口生产系统各环节的能力大小，并决定港口的通过能力。
4.运输工具
港口装卸运输工具主要是船舶和车辆。这些运输工具的类型、性能和作业条件等也是影响港口通过能力的重要因素。
船舶的主要尺度、载重量、舱口数、各船舱载货的不平衡程度，船舱结构、舱口面积及其与船舱面积之比，船上装卸设备的类型、数量、起重量与速度等，车辆的车型、载重量、长度以及车辆来港后的管理方式等，影响港口的装卸效率，从而影响港口通过能力。
5.装卸工人及装卸司机的数量和素质
直接参加装卸作业的装卸工人和装卸机械司机，在生产中起着主导作用。他们的作用通过设备在时间上的利用程度以及装卸效率的高低体现出来。因此，他们的技术水平、数量、积极性的发挥程度，以及劳动组织形式都会直接影响到通过能力。
6.港口自然条件
风、雨、雾、雪、气温、水位和潮汐等自然因素，将直接影响到港口工作的时间和营运期的长短，并对船舶靠泊作业、作业条件和作业时间等产生很大影响，从而直接影响装卸效率和港口通过能力。
7.企业领导素质和生产经营管理水平
企业领导素质和生产经营管理水平，决定着生产组织的合理与否，并关系到港口技术设备能否发挥其效能和劳动力能否合理安排，同时也关系到港口企业内部和外部各环节的衔接和协调，这些都直接影响到港口通过能力。
8.其他
港口的作业班次、港口内外协作的好坏等，都直接或间接地影响装卸作业的时间和装卸效率，也会影响到港口通过能力。
