在通常的企业财务决算表中，物流成本核算的主要是企业对外部运输业者所支付的运输费用，或向仓库支付的商品保管费等传统的物流成本。对于企业内的物流基础设备建设费和企业利用自己的车辆运输、利用自己的库房保管货物、由自己的工人进行包装与装卸等费用都没有列入物流费用科目内，而是与企业其他经营费用统一计算。因而，从现代物流管理的角度来看，企业难以正确把握实际的企业物流成本。先进国家的实践经验表明，实际发生的物流成本往往要超过外部支付额的5倍以上。
物流成本计算要素难以确定，有以下3个方面的原因。
（1）物流成本的计算范围太大
物流成本包括原材料物流、工厂内部物流、从工厂到仓库和配送中心的物流、从配送中心到商店的物流等。这么大的范围，涉及的单位非常多，牵涉的面也很广，很容易漏掉其中的某一部分。而计算哪部分、漏掉哪部分，产生的物流费用额度的大小相距甚远。
（2）物流成本的计算对象难以确定
在运输、保管、包装、装卸以及信息等各物流环节中，以哪些环节作为物流成本的计算对象也成为问题。如果只计运输和保管费用，不计其他费用，与将运输、保管、包装、装卸以及信息等费用全部计算相比，两者的费用计算结果差别相当大。
（3）物流成本计算内容难以归集
这是选择将哪几种费用列入物流成本中的问题。比如，向外部支付的运输费、保管费、装卸费等费用一般都容易列入物流成本，但是本企业内部发生的物流费用，如与物流相关的人工费、物流设施建设费、设备购置费，以及折旧费、维修费、电费、燃料费等是否也应列入物流成本中？此类问题都与物流费用的大小直接相关。
