内部控制有一些固有的局限性，这就像是测量工作中的系统误差，只能尽量减少和避免，但难以完全消除。因此，那种认为有了内部控制就可使公司经营高枕无忧的想法是不切实际的。内部控制可能因为以下几个因素影响而失效：
1.人为因素使内部控制失效。员工对控制责任的误解，当事人和执行者执行时的麻痹大意、玩忽职守、心存侥幸等均可使内部控制效力下降。这就要求高层加强和员工的沟通，采取必要的奖惩措施，使员工认识内部控制的重要性，遵守内部控制的规定。高层同时应该给员工作出尊重内部控制措施的表率。
2.时间推移使控制措施逐渐失效。公司的内部经营环境、外部法律和市场环境会随时间的推移而发生变化，使得原有内部控制措施不能永远有效，不能永远适应公司的经营和战略发展的需要，所以内部控制也应与时俱进、不断更新。
3.外部力量的干扰也会影响到内控措施的效力。举例来说，行政力量的干预、不可抗力均可影响一个企业内控措施的执行。
4.管理层违规导致内控乏力。任何人都不能凌驾于法律之上，企业中任何人都不可能不受内部控制措施的约束。当然内部控制的具体措施针对不同的人要求应该不一样，比如对一般工人要求九点钟上班、五点下班，上班期间严禁外出，对董事长、总经理等高层人士不可能完全是这种要求。但在一些关键问题上，比如总经理想支取现金就支取现金，想干什么就干什么是不可能的。组织强调制度面前人人平等，防止任意违反或利用职权践踏内部控制的制度，并对废除内部控制措施的行为进行严格监控。对管理层而言这一点尤为重要，因为上梁不正下梁歪，高层决定基调。
5.失控的资产和信息接触降低内控效力。组织应通过对直接接触资产本身的控制、对资产取得和使用合法性的控制，以及对接触信息的控制来确保内部控制的有效性，防止资产流失和信息外泄。
6.形式主义危害内部控制。内部控制，贵在执行。很多时候，控制制度表面看起来非常完善，但是没有被有效执行或实际执行的效果并不理想。内部控制制度一定要实用可行，形式主义反而会适得其反，不能切实予以执行的内部控制制度的作用是微乎其微的。
7.利益冲突威胁内部控制。员工与组织的利益冲突是对内部控制的一大威胁，如果员工与组织利益是不一致的，很可能会做出损害组织利益的事。仅仅提出企业利益至上的口号并不能解决实际问题，关键是在一种大家都可以接受的制度之下，寻求一种企业利益和员工利益的平衡。
