公司所有权与经营权的分离引发了委托代理理论在公司的应用，也为公司治理奠定了理论基础。换言之，委托代理理论即是公司治理的理论基础。委托代理又是通过一定的契约来实现的。
企业的契约理论从其分析的着重点上可以划分为两个理论体系，一个是以科斯和威廉姆森等人为代表的企业层级结构学派，是以探讨企业为什么会产生这一问题为着眼点，继而用企业内的权威关系和层级结构的观点，解释了企业是市场的替代物；并进一步回答了企业内采用层级结构的原因。另一个是以阿尔钦和德姆塞茨、詹森和麦克林等人为代表的企业合约学派。他们则把企业看成一组具有某种共同目标的成员之间的合约关系集合。企业仅是一种法律虚构，其实质体现为成员的合约关系。
1.企业的层级结构学派
科斯1937年发表的《企业的性质》一文开创了企业契约理论的先河，突破了新古典的纯技术观点，重新审视企业产生的问题。科斯认为，企业之所以出现，肯定是社会经济结构演变的结果。当把企业存在的合理性纳入市场机制的体系时，科斯借用交易费用的概念，断定市场交易过程是存在成本的，其主要表现为“发现相对价格的工作”。科斯发现企业内交易不同于市场价格机制，它更多地依赖于一种权威关系。当以这种层级型的权威关系为基础，将一系列的市场交易纳入企业时，可以大大减少交易的数目，从而节约交易费用，其均衡主要取决于市场交易的成本与企业内官僚组织的成本差异，企业是作为市场机制的替代物而存在的。
也就是说，科斯注意到了企业内部交易的基础不同于市场，但并没有进一步深入，而转向产权制度的分析。科斯虽然对企业的产生提供了一种解释，但没有真正回答清楚为什么企业要采用层级制，而是简单地以企业内权威笼统概括。
威廉姆森将交易进行了三维刻画：
（1）交易所涉及的资产专用性（Asset Specificity）；
（2）交易所涉及的不确定性；
（3）交易的频率。
他们认为，在人的机会主义动机作用下，资产的专用性越高，交易的不确定性越大，交易产生的频率越高时，企业越倾向于以纵向一体化的方式内部化市场。其原因是：在企业内部，权威关系可以起到压制机会主义的作用。而且威廉姆森根据研究，提出了著名的三型结构，认为大型公司的科层组织可以采用U（Unitary Structure）型、H（Holding Company）型和M（Multidivisional Structure）型三种结构。
显然，威廉姆森等人在企业组织的层级方面比科斯前进了一大步。但是，按照张五常的观点，纵向一体化也会产生机会主义，其一体化过程会使机会主义从市场中转移到企业，从而市场与纵向一体化的选择实际上是对市场机会主义和企业机会主义的选择 。此后，格罗斯曼和哈特以及哈特和莫尔进一步指出，真正有意义的比较不应存在于市场交易和一体化交易之间，而是两种一体化之间，即谁一体化谁更为有效 。
2.企业的合约学派
在交易费用经济学的发展过程中，阿尔钦和德姆塞茨的团队生产理论是一个重要分支。他们没有沿着科斯的思路，而是将企业视为一种“团队生产”。
所谓“团队生产”，一般具备以下几个条件：
（1）有多个具有共同目标和愿望的成员；
（2）所有成员协作生产，任何一个成员的行为都会对他人产生影响；
（3）团队生产的结果具有不可分性，即不能精确地确定每个成员对产出的贡献。
在这样的合作生产过程中，由于人的自利和机会主义动机，就可能产生偷懒（Shirking）和搭便车行为（Free-riding）。在他们看来，为了减少这两种行为，有必要实施监督。于是在团队中至少要包括两类人员：生产人员和监督人员。从逻辑上来说，监督者必须具有监督动力，否则他同样也会存在偷懒和搭便车的行为。其解决的办法就是赋予监督者所有权和剩余索取权以保证监督者的积极性。由此可见，阿尔钦等人所涉及的是企业形成这一时点上的制度安排，实际上也就是公司治理关注的核心问题之一。
在詹森和麦克林看来，企业、大学等各种组织完全是一种法律假设，只是作为一组个人签定合作契约的连接点，企业不应被视为个体，在形成契约的过程中“个人相互抵触的诸多目标会被一个契约框架带入均衡”。詹森和麦克林 认为，企业与市场并没有区别，那种将企业人格化的做法会导致严重的误导。他们则进一步认为，企业的所有者与企业生产要素的所有者是不一样的，企业所有者的概念是不一定相关的。法马 认为，这说明控制企业的并非一定就是股东，而更主要的是企业的经营者。
张五常认为科斯把交易费用看成企业存在的根本因素，并不令人信服，劳动分工、风险以及生产协作也是促使企业形成的原因。在张五常看来，企业与市场只是两种契约安排，企业并非替代市场，而是“产品市场被要素市场所替代，结果是节约了交易费用” 。
3.两大理论体系的比较
企业的层级结构学派侧重于企业内的结构层级以及由此反映出来的行政权威关系，它反映的是企业管理过程中的活动特点，如组织结构、行政权威以及指挥领导等。但是，它忽视了企业形成时各相关利益者之间的合约关系。企业的合约学派则相反，侧重于企业成员之间的合约关系，反映的是公司治理过程中的活动特点，如委托代理、监督与激励等，但却基本抛弃了层级学派的观点，不承认企业内的行政权威关系是整个企业运转的关键。事实上，这两个部分是不矛盾的，而是相互补充，相辅相成的 。后者是前者分析的逻辑起点和基础，前者是后者在具体经营过程中的继续。
我们通过对企业契约理论中的企业层级结构学派和企业合约学派的比较分析，揭示了公司治理的理论基础。目的在于探寻新经济范式下，我国如何以资本结构的优化为起点，推进以公司治理结构为核心的国有企业的混合所有制改革，尤其是股份制改革，健全公司法人治理结构，完善现代企业制度，坚持和完善我国的基本经济制度。这既是早期企业理论演进的必然结果，也是符合我国国情的现实选择。
