综合国内外对平衡计分卡的各种批评和讨论，我们认为，平衡计分卡的不足主要表现在以下几个方面。
（1）平衡计分卡强调从四个角度关注企业的绩效，这可能将企业的资源从对实现投资报酬率等真正有价值的领域分散开来
平衡计分卡强调提高企业的绩效要从财务、客户、内部流程和学习与发展四个方面入手。这意味着企业要想实现长期卓越，不能仅仅关注其财务指标，还需要从更加广阔的角度关注企业的发展。这种方法可能会由于关注得太宽泛而将资源从对实现股东投资回报率等真正有价值的领域分散开来。同时，它无法确定所选定的四个方面的相对重要性。
（2）平衡计分卡提出的四个角度不能适用于所有企业
实施平衡计分卡的企业可能分布于各个行业、面临各不相同的竞争环境，而卡普兰和诺顿提出的平衡计分卡的四个角度不能适用于所有企业。所以，企业应该更看中平衡计分卡体现的平衡思想，而不应该拘泥于其提出的四个角度。现在，已经有很多企业认识到这一点。前面提到的理光公司在实施平衡计分卡时，就根据自己的需要添加了“环境安全”这一角度。
（3）平衡计分卡仍然属于财务驱动型的绩效评价工具
平衡计分卡在传统测评模型的基础上，补充了客户、内部流程和学习与发展三个角度，并明确了这四个角度之间的逻辑关系。其基本的逻辑路线为学习与发展→内部流程→客户→财务。
很显然，平衡计分卡测评的重心和最终归属仍然是财务指标。从这一角度来说，与传统的测评模型相比，平衡计分卡只是明示了财务指标实现的路径而已。本质上，平衡计分卡仍然属于财务驱动型的绩效评价工具。
这一不足的直接后果是，作为一种绩效评价工具，平衡计分卡不能准确地运用到政府部门和非营利性行业。不过，作为战略管理工具，平衡计分卡可以运用到政府机构的管理中，这一点已经被国外的实践所证明。
