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1.管理者对企业战略目标认识不够
在实施目标企业的管理必须有明确的战略目标，管理者必须深刻了解并领悟企业的战略目标，否则一些企业战略目标不清、不现实或不可行，管理者对目标认识不够，那么设定的目标将有可能不能和企业的战略目标相一致，考核的目的也就无从说起。
2.过于重视目标的可测量性
目标管理是建立在自我控制和指导的基础上的，但是在实际的目标设定中，太过于重视目标的可靠性和可测量性，也容易造成为了避免不易定量的目标及在不易定量的领域也必须勉强地使用数字来进行目标的设定，容易使目标的等级降低，也容易造成目标设定的效果降低。
3.过多地注重一个部门的员工和管理者之间设定的目标
目标管理过多地注重一个部门的员工和管理者之间设定的目标，无法跨部门进行统一的目标设立，因此也难以在企业内部对不同部门的工作绩效进行横向性的考核及比较，也不能为员工跨部门发展提供晋升依据。
4.奖惩不一定都能和目标成果相配合
有时奖惩不一定都能和目标成果相配合，也很难保证公正性，从而削弱了目标管理的效果，这是因为目标管理最终是以目标的实现作为奖惩的唯一标准。目标管理的有效实施除了需要掌握具体的方法以外，还要特别注意把握工作的性质，分析其分解和量化的可能，使目标管理的推行建立在一定的思想基础和科学管理基础上，要逐步推行，长期坚持，不断完善从而使目标管理发挥预期的作用。
5.反馈机制不健全
如果不具备有效的反馈机制，那么目标管理过程中出现偏差将不能及时纠正。目标管理的执行应按照确定的目标和监督过程，不断将执行结果反馈给各级目标负责人，及时纠正偏差，完善目标及实现目标的措施，以最高效率取得最佳效果。在基于目标管理的绩效考核系统中，目标成果反馈是绝对必要的。
6.在设计绩效考核指标时难以把好绩效目标的“权重关”
在目标管理的实施过程中难免会有一些员工认为目标管理作为绩效考核的工具就是一个监督工具。这样，他们在填写目标时，就会把容易完成的工作定为主要目标，并在确定绩效目标的时间框架上将自身利益凌驾于组织利益之上。更为有害的是，员工或部门可能为了体现业绩，用短期见效的目标取代意义重大但长期才能见效的目标。
7.员工各行其是，缺乏团队精神
目标管理在实施过程中的主要困难是员工各行其是，缺乏团队协作意识。束缚目标管理的使用是由于并不是每个组织都具有团队精神，组织结构和体制、机制，以及文化背景和社会环境的影响极大。如果各部门和各员工只关注自身目标的利益而忽视相互协作和组织目标的实现，滋长本位主义和急功近利的倾向，缺乏互相沟通和协商，势必影响目标的实施和实现。因此，在实际中推行目标管理时，要注意提高员工的职业道德水平，培养合作精神，建立健全各项规章制度，注意改进领导作风和工作方法。
